Zakażenie HPV można podejrzewać u osób, u których występują nawracające i przewlekłe stany zapalne dróg rodnych (takie jak: zapalenie cewki moczowej, zapalenie żołędzia lub napletka u mężczyzn) oraz z nawracającymi kłykciami. Test jest wskazany także w przypadku otrzymania niejasnego wyniku cytologicznego. Infekcja HPV daje następujące objawy kliniczne: brodawki lub kłykciny kończyste występujące na narządach płciowych bądź w okolicy odbytu czy cewki moczowej. Wskazaniem do zrobienia testu są także stany przedrakowe szyjki macicy lub sromu, czyli dysplazje. Zakażenie HPV może występować w formie utajonej, która jest możliwa do wykrycia jedynie po wykonaniu testu na obecność DNA HPV.