Mężczyźni również mogą ulec zakażeniu wirusem HPV, który może występować w formie bezobjawowej lub może wywoływać zmiany w postaci kłykcin kończystych bądź brodawek na zewnętrznych narządach płciowych lub w okolicy odbytu. Zakażenie typem HPV wysoko onkogennym może u mężczyzn prowadzić do rozwoju raka prącia. Ponadto zakażony mężczyzna jest nosicielem tego wirusa i może go przenieść na swoją partnerkę.